El arzobispo John Clayton Nienstedt nació el 18 de marzo de 1947 en Detroit, Míchigan. Es hijo del difunto John y Elizabeth Nienstedt, de Harrison Township, y el segundo mayor de una familia de seis hijos. Tiene dos hermanos y tres hermanas. El arzobispo Nienstedt fue ordenado sacerdote el 27 de julio de 1974 en la iglesia del Sagrado Corazón, en Dearborn, Michigan, tras cursar estudios en el Seminario Mayor del Sagrado Corazón, en Detroit, y en la Pontificia Universidad Gregoriana, en Roma.
El arzobispo Nienstedt es licenciado en Humanidades por el Seminario Mayor del Sagrado Corazón, licenciado en Teología Sagrada por la Pontificia Universidad Gregoriana y licenciado y doctor en Teología Sagrada por el Pontificio Instituto de San Alfonso, en Roma. El tema de su tesis doctoral fue “La vida humana en un tubo de ensayo: la dimensión moral de la fecundación in vitro y la transferencia de embriones”.”
En 1994, el arzobispo Nienstedt fue nombrado párroco de la parroquia Shrine of the Little Flower, en Royal Oak, Míchigan. Antes de eso, ejerció durante seis años como rector y presidente del Seminario Mayor del Sagrado Corazón en Detroit, Míchigan. Entre los cargos anteriores del arzobispo Nienstedt se incluyen: párroco asociado de la parroquia Guardian Angels, en Clawson, Míchigan; sacerdote secretario del cardenal John Dearden; párroco asociado de fin de semana de la parroquia St. Fabian, en Farmington Hills, Míchigan, y de la parroquia Our Lady of Sorrows, en Farmington, Míchigan; vicario general de la Arquidiócesis de Detroit; servicio en la Secretaría de Estado del Vaticano; y párroco de la parroquia St. Patrick, en Union Lake, Míchigan.
El 12 de junio de 1996, el papa Juan Pablo II nombró al arzobispo Nienstedt obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Detroit. El cardenal Adam Maida, arzobispo de Detroit, lo ordenó obispo el 9 de julio de 1996. El arzobispo Nienstedt fue obispo de las vicarias de Dearborn, Downriver, Monroe, Northwest Wayne, Southland y Western Wayne entre 1996 y 2001.
El 12 de junio de 2001, el papa Juan Pablo II nombró al arzobispo Nienstedt tercer obispo de la diócesis de New Ulm. Tomó posesión de su cargo el 6 de agosto de 2001.
El 24 de abril de 2007, el papa Benedicto XVI nombró al arzobispo Nienstedt arzobispo coadjutor de la Arquidiócesis de Saint Paul y Minneapolis y administrador apostólico de la Diócesis de New Ulm. Desempeñó este último cargo hasta el 13 de diciembre de 2007. El 2 de mayo de 2008, el papa Benedicto XVI lo nombró arzobispo de la Arquidiócesis de Saint Paul y Minneapolis. Desempeñó el cargo de arzobispo hasta el 15 de junio de 2015.
