La parroquia María, Madre de la Iglesia fue fundada el 7 de septiembre de 1965 por el arzobispo Leo Binz. La iglesia está situada en un terreno de veintidós acres que antiguamente era tierra de cultivo. La parroquia comenzó con 550 familias fundadoras. En 1966, treinta feligreses plantaron 900 árboles de hoja perenne a lo largo del límite sur de los terrenos de la parroquia María, Madre de la Iglesia. Durante los primeros tres años, las misas se celebraron en el gimnasio de la Escuela Cedar en Eagan y todas las demás actividades religiosas se llevaron a cabo en la antigua rectoría ubicada en North River Hills Drive en Burnsville. En 1967 se formó un comité de construcción y finanzas, y se contrató a un arquitecto para la construcción de la iglesia. La primera misa en la nueva iglesia se celebró el 9 de marzo de 1969. La dedicación formal tuvo lugar el 18 de mayo, con el arzobispo Leo Binz. A mediados de la década de 1970, la parroquia atendía a 1.645 hogares. En la década de 1980, se renovó el centro parroquial para aprovechar al máximo el espacio existente y se emprendió la construcción de una nueva ampliación de 18 000 pies cuadrados. El proyecto se completó en noviembre de 1988. En 2018, el papa Francisco estableció una nueva festividad, la de la Santísima Virgen María, Madre de la Iglesia, que se celebra el día siguiente a Pentecostés.
