San Miguel fue fundada en 1853 y la iglesia actual fue consagrada por el obispo Thomas Grace en 1875. La primera boda fue oficiada por el obispo Joseph Crétin. Fundada como parroquia territorial, sus primeros miembros eran en su mayoría irlandeses. El beato Solanus Casey vivió en Stillwater y fue confirmado en San Miguel en 1883. La madre de Bing Crosby (Catherine Harrigan) fue bautizada en San Miguel en 1873. Hoy en día, los sacerdotes atienden tanto a San Miguel como a Santa María (situada a una manzana de distancia), con un total de 2000 familias. La adoración eucarística perpetua comenzó en 1995. La comunidad parroquial se dedica a practicar las obras de misericordia, gestionando dos casas católicas para mujeres y niños, proporcionando atención pastoral a nueve residencias de ancianos, ministerio penitenciario y una parroquia hermana en Tanzania. La escuela católica St. Croix es la más antigua de Minnesota, fundada en 1856. La comparten St. Michael, St. Mary y St. Charles. La escuela está dirigida por las Hermanas Dominicas de Santa Cecilia de Nashville, Tennessee, y personal laico. La escuela cuenta con 400 alumnos, desde preescolar hasta octavo grado.
