Fundada en 1884, San Francisco es la décima parroquia más antigua de la ciudad de St. Paul. Fundada por católicos de habla alemana, la primera iglesia, un edificio de estructura de madera, se construyó en agosto de 1884 en un terreno donado por Frank Poppler. La iglesia original prestó servicio a la comunidad durante casi 80 años, hasta que se terminó de construir la actual iglesia de piedra en 1959. A partir de 1996, San Francisco de Sales se asoció con la cercana iglesia de San Jacobo, con la que compartía párroco, escuela y personal administrativo. San Jacobo cerró en 2011, fusionándose por completo con San Francisco de Sales. La misión de San Francisco de Sales es proporcionar un hogar a los fieles para que experimenten un encuentro personal con Jesucristo y, por la gracia de Dios y con María, adoren, sigan y compartan a Jesús con los demás.
